Pod przewodnictwem Jana Obrąpalskiego został opracowany plan elektryfikacji Polski na przełomie lat 1940/1941 - do roku 1965, z granicą zachodnią Polski na Odrze i Nysie Łużyckiej. Powstał plan kaskady Wisły przy walnym udziale A. Hoffmanna - Hamerskiego, plan funkcji tramwajów i autobusów w Warszawie pod przewodnictwem Stanisława Wachowskiego. Utworzono szkołę z wieloma wykładowcami z PW i Szkoły Wawelberga - zwaną „Kursy elektrotechniczne Szpotańskiego - KES”, która dawała dobre podstawy do dalszego kształcenia się, względnie pracy w zawodzie elektromontera.
Dyrektorem szkoły był Stanisław Wachowski, a wykładowcami m.in. inżynierowie: Kwiatuszyński, Sarnowiec, Kotelewski, Panufnik oraz inni.
Poza granicami kraju powstały koła techniczne i naukowe w obozach jenieckich w Niemczech - w Murau, Grosborn i Woldenbergu, gdzie wykłady m.in. prowadzili: Janusz Gniewiewski, Leszek Sztajnduchert, Urbanowicz, Z. Nowicki, L. Śliwiński, Srebrzyński, Wł. Pawłowski (późniejszy wieloletni redaktor „Przeglądu Elektrotechnicznego”) oraz inni. Wydano nawet znaczek okolicznościowy „Dnia SEP” (06.08.1942 r.).
Po upadku Francji polscy elektrycy w Anglii utworzyli oddział SEP i kilka kół położonych w rożnych miastach. Prezesem został Jan Podoski, będący w armii polskiej w najbliższym otoczeniu generała Sikorskiego.
Oddział działał w siedzibie IEE. Późniejsze kontakty z Brytyjskim Instytutem Inżynierów Elektryków i następnie przynależność do niego zawdzięcza SEP właśnie Janowi Podoskiemu, po wojnie profesorowi PW i doktorowi honoris causa tejże uczelni (Przez przyjaciół nazywany „Krecik” – ponieważ dążył do budowy metra w Warszawie. Kiedy Podoskiemu wręczano tytuł doktora honoris causa, prof. Hering wspaniale przedstawił jego życiorys, ogromnie bogaty w wydarzenia. Jan to skwitował: „nawet ciekawy”). Jan Podoski w Anglii był szefem cichociemnych. Wrócił do Polski z gen. Tatarem. Wkrótce potem został aresztowany. Był więziony przez wiele lat.
Oddział Brytyjski SEP w 1944 r. liczył 168 członków, a w działalności szkoleniowej doprowadził do ukończenia studiów wyższych przez 137 polskich elektryków. Po 1945 r. oddział przekształcił się w Stowarzyszenie Elektryków Polskich w Wielkiej Brytanii. Łącznie działalność SEP na wyspach brytyjskich trwała 30 lat, a SEP było bardzo cenioną organizacją. Między innymi działali w niej: St. Ignatowicz, A. Krzyczkowski (prezes SEP z 1939 r.), Paweł Nowacki, J. Gumiński, Iwanicki oraz inni.
Powstanie warszawskie i działania wojenne uczyniły dalsze spustoszenie w szeregach SEP-owców. Wielu zginęło lub rozproszyło się po świecie.
W 1945 r. pod przewodnictwem Kazimierza Szpotańskiego rozpoczęto starania i doprowadzono do wpisania SEP w rejestr stowarzyszeń naukowo-technicznych.
W skład pierwszego, tymczasowego, dziewięcioosobowego zarządu weszli inżynierowie: Szpotański, Szumilin (prezes SEP w latach 1948-1949), Obrąpalski (prezes SEP w latach 1934 -1935), Gorzkowski, Moszczyński, Przelaskowski, Straszewski (prezes SEP w latach 1946 -1947), Karśnicki (prezes SEP w latach 1931-1932), Czaplicki (prezes SEP w latach 1932-1933).
Postanowiono zwołać w 1946 r. Walne Zebranie Wyborcze oraz w zaistniałych warunkach „oprzeć się na statucie z 1929 r., który otwierał wejście do stowarzyszenia wszystkim, którzy interesują się pracami elektrotechnicznymi. Znaczna część zarządu z jego przewodniczącym złożyła rezygnację, aby zrobić miejsce dla młodego pokolenia o innym zabarwieniu politycznym.
Stwierdzono też, że „historia SEP to chluba i tradycja, którą należy cenić i szanować, bo kto nie szanuje przeszłości, niegodzien jest szacunku teraźniejszości i brak mu prawa do przyszłości”.
XII Walne Zgromadzenie SEP odbyło się w Łodzi. Uchwalono przystąpienie do Naczelnej Organizacji Technicznej. Przyjęto projekt nowego statutu, uzgodniony z Komisją NOT. Nowy statut wprowadził istotne zmiany, jak przywrócenie Zjazdu Delegatów jako najwyższej władzy stowarzyszenia, przewidywał też zwoływanie Walnego Zgromadzenia wszystkich członków stowarzyszenia, a także dopuszczał przynależność do SEP wszystkich elektryków.
Stowarzyszenie w pewnym stopniu uzależniono od NOT-u.
Wznowiono działalność Centralnej Komisji Normalizacji Elektrycznej i Centralnej Komisji Słownictwa Elektrycznego. Reaktywowano także wydawanie „Przeglądu Elektrotechnicznego”, którego redakcję objął Tadeusz Czaplicki (prezes SEP w latach 1932-1933) i „Przeglądu Telekomunikacyjnego”. Prezesem SEP wybrano Kazimierza Straszewskiego (1946-1947).
W 1948 r. XIV Walne Zgromadzenie Członków SEP obradowało w Szczecinie, głównie dyskutując nad koncepcjami krajowych sieci wszystkich napięć i rozwojem przemysłu maszyn i urządzeń elektrycznych. Prezesem wybrano Włodzimierza Szumilina (1948-1949). Z uwagi na jego posturę i bezwłosą głowę z uznaniem nazywano go Makuszyńskim elektryki.
XV Walne Zgromadzenie odbyło się w Warszawie w 1949 r. i uznane zostało za jubileuszowe ze względu na XXX-lecie SEP. Prezesem wybrano Stanisława Ignatowicza. Nowy statut obowiązujący stowarzyszenie od 1949 r. przewidywał coroczne zjazdy delegatów SEP. Pierwszy Zjazd Delegatów odbył się w 1947 r., w Warszawie, podobnie jak sześć następnych.
VIII Zjazd odbył się w Poznaniu w 1955 r., gdzie obchodzono XXXV lat SEP pod prezesurą Kazimierza Kolbińskiego (prezesa SEP w latach 1952-1959).
IX Zjazd w 1956 r. miał miejsce w Krakowie, gdzie przyjęto szereg wniosków, które dotyczyły: zmian organizacyjnych zwiększających samodzielność, zorganizowania Biura Znaku Przepisowego i powołania Izby Rzeczoznawców, zorganizowania Polskiego Komitetu Elektrotermii, przywrócenia odznaki SEP.
Na X Zjeździe w 1957 r. w Katowicach przyjęto nowy statut, który m.in. wprowadził dwuletnią kadencyjność z prawem ponownego wyboru, a połowa, tj. ośmiu członków zarządu, miała ustępować corocznie.
XI Zjazd zorganizowano w 1958 r. w Gdańsku.
XII Zjazd odbył się w 1959 r. w Warszawie w Domu Technika oraz Politechnice „Warszawskiej i był zjazdem jubileuszowym - czterdziestolecia SEP. Na zjeździe godność prezesa uzyskał Tadeusz Kahl (kadencja 1959-1961) - żołnierz AK, obrońca Elektrowni Warszawskiej. Sekretarzem Generalnym został Tadeusz Skarżyński, zasłużony działacz SEP, autor wielu monografii, członek honorowy SEP, żołnierz AK. Z okazji 40-lecia SEP wydano „Historię Stowarzyszenia Elektryków Polskich 1919-1959”. Przewodniczącym zjazdu był Jan Podoski, a komisarzem zjazdu Stanisław Potemski.